根据您的描述，贵公司新入职的员工入职时间为3月，实际工资发放在4月，即个人所得税的税款所属时间为4月，5月份为纳税申报期。由于个税扣缴申报系统是按照入职的时间算减除费用，如果采集该员工人员信息时，入职日期是3月，则2019年5月征期就会出现累计减除费用为10000元（5000元/月×2个月）的问题，解决方法为：新入职员工在申报采集人员信息时，按照为新入职员工申报个税的税款所属期来判断选择受雇从业日期，也就是受雇从业日期需要选择为4月，这样减除费用为5000元。

政策依据

《关于严格按照5000元费用减除标准执行税收政策的公告》（国家税务总局公告2018年第51号）

近期，有纳税人反映，部分扣缴单位在10月份发放工资薪金时没有按照5000元/月费用减除标准扣除计税。为保障纳税人合法权益，让纳税人全面及时享受个人所得税改革红利，现就有关事项公告如下：

一、根据修改后的个人所得税法和有关规定，纳税人在今年10月1日(含）后实际取得的工资薪金所得，应当适用5000元/月的费用减除标准。对于符合上述情形的，扣缴义务人要严格按照5000元/月费用减除标准代扣代缴税款，确保纳税人不打折扣地享受税改红利。

二、对于纳税人2018年10月1日（含）后实际取得的工资薪金所得，如果扣缴义务人办理申报时将“税款所属月份”误选为“2018年9月”，导致未享受5000元/月的减除费用，纳税人、扣缴义务人可以依法向税务机关申请退还多缴的税款。